Никого не доставало, что файлы перенесенные из других систем имеют в конце каждой строки ^M ?

Если да, то решается это одной/двумя строчками :

cat ./filename1 | sed ‘s/.$//’ > ./filename2

Немного пояснения : filename1 — это имя исходного файла, filename2 имя временного файла.
Потом просто переименуйте filename2 в filename1