Очень часто буквально бесит, когда скачиваешь файлы, а в консоле в конце каждой строки стоит символ «^M».

Это формат конца строки DOS.

Как это убрать ?

Да очень просто :

cat ./filename1 | sed ‘s/.$//’ > ./filename2

Где filname1  — это исходный файл, а filename2 — файл на выходе.